從FFPE樣本中純化DNA和RNA。

[A] 從多個(gè)大鼠FFPE組織樣本中純化基因組DNA并儲(chǔ)存于室溫。使用AllPrep DNA/RNA FFPE Kit或QIAamp DNA FFPE Tissue Kit（專用于從FFPE樣本中純化DNA的試劑盒，作為對照）進(jìn)行純化，兩種試劑盒都含有RNase消化試劑。采用吸光度測定方法檢測每個(gè)20 μm組織切片的DNA產(chǎn)量。[B] 從多個(gè)大鼠FFPE組織樣本中純化RNA并儲(chǔ)存于室溫。使用AllPrep DNA/RNA FFPE Kit或RNeasy FFPE Tissue Kit（專用于從FFPE樣本中純化DNA的試劑盒，作為對照）進(jìn)行純化。采用吸光度測定方法檢測每個(gè)10 μm組織切片的RNA產(chǎn)量。從FFPE組織中純化DNA或RNA時(shí)，AllPrep Kit的表現(xiàn)與專用的純化試劑盒表現(xiàn)相當(dāng)。

對預(yù)擴(kuò)增的cDNA進(jìn)行芯片分析。

使用AllPrep DNA/RNA FFPE Kit從人類乳腺FFPE組織中純化總RNA。然后使用RT2 FFPE PreAMP技術(shù)進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄。使用Human Cell Cycle RT2 Profiler PCR Array，通過real-time PCR進(jìn)行基因表達(dá)分析，將腫瘤樣本與非腫瘤樣本進(jìn)行對比。ΔΔCT分析顯示：腫瘤樣本中的基因表達(dá)與非腫瘤樣本的基因表達(dá)存在x倍的差異。

對FFPE樣本中的DNA和RNA進(jìn)行可靠擴(kuò)增。

使用AllPrep DNA/RNA FFPE Kit或?qū)Ｓ糜趶腇FPE樣本中純化DNA或RNA的試劑盒（QIAamp DNA FFPE Tissue Kit 或RNeasy FFPE Kit，作為對照）從大鼠FFPE組織中純化獲得[A] DNA 和[B]、[C] RNA。在ABI PRISM 7900HT Sequence Detection System上，使用[A] QuantiTect SYBR® Green PCR Kit對78 bp的Prnp基因擴(kuò)增子進(jìn)行Real-time PCR分析，或是用[B]、[C] QuantiTect SYBR® Green RT-PCR Kit對Jun原癌基因表達(dá)進(jìn)行real-time RT-PCR分析。AllPrep Kit和另外兩個(gè)專用試劑盒的CT值相當(dāng)，表明三種試劑盒純化DNA或RNA的效率相當(dāng)。[C] 此外，在沒有逆轉(zhuǎn)錄酶（–RT）的條件下分析了Jun基因的表達(dá)。脾臟是富含DNA的組織，其擴(kuò)增曲線平坦，說明純化的RNA中不含基因組DNA。

AllPrep DNARNA FFPE樣本純化步驟。